Inmediatamente después de su captura, fue trasladado a los juzgados militares de la prisión del Campo Militar 1-A, en donde fue ingresado horas más tarde.
Cuando se perpetraron los crímenes en contra de los estudiantes, Rodríguez Pérez se desempeñaba como comandante del 27 Batallón de Infantería de Iguala, a donde se habría ordenado que se llevaran los restos de los estudiantes, de acuerdo con algunas conversaciones reveladas recientemente.
Los mensajes intercambiados entre miembros del cártel de Guerreros Unidos revelaron que un sujeto identificado como El Negro se había puesto de acuerdo con Rodríguez Pérez, a quien nombraban como El Coronel, para inculpar al grupo criminal y deslindar al Ejército de toda responsabilidad.
Sumado a ello, las más recientes investigaciones de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del caso Ayotzinapa (CoVAJ) apuntaron que José Rodríguez Pérez habría sido quien ordenó el asesinato y desaparición de seis normalistas que permanecían con vida hasta cuatro días después de la privación de su libertad en una bodega de Pueblo Viejo.
“Se presume que seis de los estudiantes se mantuvieron con vida hasta cuatro días después de los hechos –suscitados la noche del 26 y la madrugada del 27 de septiembre de 2014– y que fueron ultimados y desaparecidos por órdenes de El Coronel”, aseguró Alejandro Encinas, subsecretario de Derechos Humanos de la Secretaría de Gobernación (Segob).
Hasta antes de su captura, Rodríguez Pérez ocupaba el rango de general brigadier, al cual fue ascendido en 2015, todavía durante el gobierno de Enrique Peña Nieto, por sus “méritos, aptitudes y competencia profesional”, según un documento firmado por el mismo expresidente y su secretario de la Defensa Nacional, Salvador Cienfuegos Zepeda.
Rodríguez Pérez fue el primer mando de la Sedena identificado abiertamente por el gobierno federal como involucrado en la ejecución de los estudiantes.